?Zaburzenie liniowej struktury łańcucha peptydowego pochodzi przede wszystkim z jego tendencji do skręcania się w regularną spiralę, nazywaną spiralą alfa. Skłonność ta wynika z powstawania słabych wiązań wodorowych między atomami azotu z niewielkim ładunkiem ujemnym i atomami tlenu z niewielkim ładunkiem dodatnim, wchodzącymi w skład ugrupowania peptydowego. Wiązania te łączą odpowiednie atomy ugrupowania pierwszego i czwartego, drugiego i piątego, trzeciego i szóstego, i tak dalej. Lekkie skręcenie całego łańcucha, będące rezultatem powstania tych wiązań wodorowych, przyczynia się do ciasnego upakowania atomów. Inne zaburzenia liniowej struktury wynikają z oddziaływań, jakie wytwarzają ugrupowania boczne aminokwasów między sobą lub też z cząsteczkami otaczającej je wody. Ugrupowania boczne aminokwasów zasadniczo różnią się między sobą. Niektóre mają charakter wyraźnie kwaśny lub zasadowy (np. w lizynie), są więc w roztworach wodnych w znacznym stopniu zdysocjowane. Inne (np. w serynie lub treoninie), choć nie są zdysocjowane, mają stosunkowo dużą zdolność do oddziaływania z wodą (powinowactwo do wody). Nazywamy je grupami hydrofilowymi lub polarnymi. Jeszcze inne, zbudowane z dłuższych łańcuchów węglowodorowych (np. w leucynie) lub pierścieni aromatycznych, mają niewielkie powinowactwo do wody. Mówimy o nich, że są to grupy hydrofobowe lub niepolarne.
Leave a reply